경술국치(1910년 8월 29일)를 불과 1년 6개월 앞두고 비애와 한탄의 눈물을 쏟으며 ＜대한매일신보＞ 주필은 위와 같이 통렬한 애가哀歌를 읊조리고 있었다. 처연하게 나부끼는 태극기 옆에는 언제인가부터 섬뜩하고 음험한 일장기가 팔짱을 끼듯 교차해 걸려 있었으리라. 이러한 기괴한 풍경이 바로 1909년 망국 직전 한반도 태극기의 처지였다.

기록상 태극기가 처음 내걸린 민간 행사는 1896년 11월 독립문 정초식이었다. 이러한 군중 집회와 '애국가' 혹은 '독립가'의 제창은 태극기가 민족 공동체와 국가를 상징하는 표상임을 확인하고 공유하는 과정이 되었다. 이렇게 태극기는 단순히 "대한제국의 주권과 국체의 상징"으로 시작해 이후 "애국심을 표현하는 도구", 더 나아가 "애국심을 투사投射하는 대상"으로 확장해 마침내 '임금과 인민의 몸을 받은 존재', 즉 국가 자체라는 계몽이 진행되었다.

이러한 태극기의 위상은 대한제국의 국운이 망국의 시기에 가까워질수록 더욱 초월적 단계로 격상되어 갔다. 1907년 미국에서 귀국한 도산 안창호 선생은 미국처럼 한국에서도 국기 의례를 시행할 것을 제안하고 국기에 대한 사랑과 숭상을 의전적으로 보급하고자 했다.

1907년 국가 존망 위기에 처한 대한제국은 안창호의 제안을 기점으로 기독교 예배 의식을 차용한 '배기창가례拜旗唱歌禮'를 채택했다. 이러한 학교에서의 국기 의례는 오늘 우리에게도 익숙한 국민의례와 학교 조회의 역사적 연원이 되었다. 체제의 허약과 붕괴 조짐은 사회규범과 제도를 더욱 보수화·제도화·형식화하는 관성이 있다. 현재까지 전승되어 온 국기 게양 이벤트와 퍼포먼스가 바로 이러한 망국의 불안이 정점에 이른 시기에 형성되었다는 사실은 역사의 아이러니가 아닐 수 없다.

1907년 당시 '배기창가례'가 어떠한 형태로 진행되었는지는 알 수 없으나, 큰절을 하거나 허리와 고개를 숙여 태극기를 향해 최고의 경의를 표하는 자세를 취했을 것으로 짐작된다. 그러나 이러한 태극기에 대한 사랑과 숭배는 일장기라는 실체적 그림자를 품은 불안한 사랑이었다.

일반적으로 교회사 연구가들은 국권 상실의 절망이 높아 가던 시기의 한국교회가, 1907년 대부흥 운동 이후 개인적 내세 신앙과 성령 체험에 몰두한 나머지 '비민족화'되었다는 평가를 하기도 한다. 하지만 대부흥의 분위기 속에서 그리스도인들은 자신들의 근대 시민 정체성과 만민 평등 사상을 공유하며 오히려 더욱 끈끈하고 내밀한 애민 애족 정신을 구축했다. 1903년 원산 대부흥의 산실인 원산 남산동교회 신축 예배당 기념사진(1906년)을 보면, 전 교인 뒤로 태극기를 게양해 기독교 신앙과 민족정신을 표현했다.

1905년 을사늑약 체결 이후 국운은 날로 쇠약해 갔다. 한일 강제 병합 직전, 일제가 한국 침탈을 기정사실화하면서 교회 내에서도 강제적으로 일장기를 게양토록 하는 조치가 빈번해졌으며, 이는 민족적 반감을 불러일으켰다. 그 대표 사례가 1909년 초 순종 황제가 평안도 일대를 돌아본 '서북 순행' 당시 교회와 학교 기관에서 일장기를 태극기와 함께 게양하는 것에 평양의 길선주 목사를 비롯한 많은 기독교 지도자가 강한 거부감을 표출하며 저항했던 사건이다.

태극기에 대한 한국 기독교인의 애정과 관심은 1903년 한국 최초로 조선인 미주 이민단이 하와이와 멕시코 지역에 이주하면서 더욱 강화되었다. 이역만리 타국에 정착하게 된 한인 이민자들은 새로운 삶의 터전에 정착하는 불안감과 고국을 향한 그리움을 해소하고자 신앙에 의지했고, 자연스럽게 한인 교회는 이민 사회 구심점 역할을 감당하게 되었다. 1906년경에 이르러서 한인들은 13개 교회와 35개 전도소를 갖추었고, 하와이 한인 교회는 10년 만에 예배당 39개, 신자 3800명에 이르렀다. 당시 하와이 한인 중 70~80%에 달하는 규모였다. 이는 초기 미주 지역 이민 사회가 교회와의 밀접한 관계 속에서 확장·발전하였다는 사실을 확인케 한다. 이렇게 성장한 하와이 한인 교회들에는 한민족의 동질성과 공동체성을 확인시켜 주는 태극기가 어김없이 게양되었다.

그러나 하와이는 이미 일본인 이민자들이 다수 세력을 형성하고 있었으며, 일본 이민 사회와의 교류 및 관계 또한 요구되었다. 하와이 감리교 선교 연회가 열릴 경우, 다인종 사회가 참여하는 대개의 연례 회의는 한인 교회에서 개최되었다. 1909년 하와이 한인 교회에서 열린 회의 사진을 보면 일장기와 태극기가 나란히 게양되어 있다. 당시 한일 강제 병합을 눈앞에 둔 시점에 한일 이민자 간의 적대감이 최고조에 달했음에도 양국기가 교회에 게양되어 있는 모습은 당시의 미묘한 전환기적 상황을 여실히 증언해 주고 있다.

기독교계에서도 일제의 본격적인 침략 과정에 대해 적극적인 저항운동을 전개했다. 대표적으로 경기도 광주·이천 지역에서 활동한 구연영·구정서 전도사 부자의 순국 사건을 주목할 수 있다. 1895년 일제가 자행한 을미사변과 단발령에 반발해 전국 각지에서 의병이 일어났는데, 당시 경기도 광주와 이천 지역을 통해 활동하던 구연영은 의병대 중군장이 되어 백현(이천 널고개) 전투를 압승으로 이끈 바 있다. 그러나 남한산성 점거 이후 경북 의성까지 내려가 항전하던 그는 의병 운동에 한계를 느껴 반년 만에 회군했다. 그리고 구국 운동의 새로운 방편으로 기독교를 받아들여 전도자의 길을 걷게 된다. 그는 20개가 넘는 교회를 세웠으며, 오히려 더욱 강한 민족의식과 구국 의지를 담아 자신의 신앙을 고백했다.

의병장 출신 양반의 개종과 전도 활동은 지역사회에 큰 변화를 주었다. 그는 자신의 노비들을 풀어 주었고 천민들에게도 존칭을 사용해 광인狂人이라는 소문이 돌았다. 그러나 이에 아랑곳하지 않았던 구연영은 권서인 활동에 충실하면서도 각 지역의 교회 청년들을 중심으로 '구국회'를 조직해 구국 계몽 운동을 진행했다.

특히 친일 어용 단체인 일진회一進會(1904년 친일파 송병준 주도로 설립된 친일 어용 단체)의 민낯을 폭로하고 일제의 침략 행위를 비판하는 집회를 개최했다. 이에 일제 헌병대는 기밀문서에서 "경성 동편 십여 군郡에 구연영만 없으면 기독교도 없어질 것이요, 배일자排日者도 근절될 것"이라고 했다. 구연영은 일본의 한반도 침략 계획과 일진회 활동에 큰 걸림돌이었던 것이다.

1907년 구한국 군대 해산에 따라 거병된 정미의병으로 전국은 다시 술렁거리기 시작했다. 이에 일본군 헌병대는 의병장 출신 전도사 구연영과 그 아들 구정서가 활동하는 이천 지역에 진주하여 마침내 두 부자를 이천 우시장 미루나무에 묶고 팔과 다리를 칼로 찌른 후 총살했다. 초기 개신교 전도인 중 첫 순국이었다. 이들의 죽음에 대해 ＜대한매일신보＞는 다음과 같이 보도했다.

구연영·구정서 부자의 비극적 죽음을 몇 줄 단신으로 보도한 ＜대한매일신보＞는, 그로부터 2년 후 친일 매국노들과 일진회의 패악질로 스러져 가는 조국과 태극기의 처량함을 한탄하며 다음과 같은 울분에 찬 논설을 내놓았다.

20세기 초 제국주의의 폭력과 침탈 앞에 무기력한 조선 지식인들은 이제 단군왕검 자리를 일본 천조대신이, 대한제국 황제 자리를 일본 천황이, 태극기 자리를 일장기가 차지하리라는 것을 기정사실로 받아들이고 있었다. 그러나 이러한 민족적 비극 앞에 무기력한 동포를 향해 덧없는 호소만을 쏟아 낼 뿐이었다.

1905년 을사늑약 체결을 통해 나라의 외교권이 강탈당하고 일제의 조선 침탈 야욕이 극에 달하자 천주교인 안중근(안응칠)과 상동감리교회 웹웟청년회 출신 우덕순 등 항일 투사 11명은 1909년 3월 동의단지회東義斷指會를 결성하고 왼손 약지 첫 관절을 잘라, 태극기에 "대한 독립"이라는 혈서를 남겼다.

단지회 동지들은 이토 히로부미가 러시아 당국과 남만주 철도 건설을 협의하기 위해 하얼빈에 온다는 정보를 입수하고 이토 암살 계획을 세우게 되었다. 채가구역은 압록강 건너 봉천에서 출발한 하얼빈행 기차가 중간에 기관차를 바꾸기 위해 머무는 곳이었다. 두 사람은 중간 정차역인 채가구와 종착역인 하얼빈에서 각각 이토 암살 기회를 노리기로 했다. 다음은 안중근의 '장부가'에  우덕순이 답가 형식으로 작성한 '의거가' 내용이다.

거사에 대한 우덕순의 의지는 이처럼 결연했다. 안중근·우덕순의 이토 암살 계획은 민족 해방을 향한 신앙적 결단이었다. 하지만 운명은 그에게 거사의 기회를 쉽게 허락하지 않았다. 처음 계획은 우덕순이 하얼빈을 맡기로 했었다. 결행 하루 전에 거사의 성공률을 높이기 위해 각자의 위치를 다시 바꾸게 되었다. 하지만 이토가 탄 기차가 채가구역을 통과할 때 러시아 경찰 당국이 역사 전체를 봉쇄하는 바람에 우덕순은 은신처였던 지하실에 갇혀 있어야 했다. 결국 1909년 10월 26일 오전 7시, 이토는 안중근의 총에 죽었다.

이로써 안중근은 현장에서 체포되어 사형당했으며, 우덕순은 징역 3년 형을, 조도선·유동하는 징역 1년 6개월 형을 언도받았다. 그러나 우덕순은 경성감옥에 수감 중 1908년의 함흥감옥 탈옥 사건이 드러나 형이 추가되어 7년의 옥고를 치르고 1915년 2월에야 출옥했다.

이토 히로부미가 처단된 지 1년도 되지 않아 한반도는 완벽히 일제의 손아귀에 넘어갔다. 태극기는 더 이상 나부낄 공간을 허락받지 못했다. 망국 대한亡國大韓의 비애를 목 놓아 울던 ＜대한매일신보＞는 일제에 강제 매수되었고, 조선총독부 기관지 ＜매일신보＞라는 이름으로 새롭게 발행되었다. 강제 병합 직후 이 신문에서는 태극기의 처지에 대해 다음과 같이 단신으로 보도했다.

1910년 가을 이후, 이제 한반도 어디에서도 태극기의 게양이나 표시는 불법이 되었다.