'하나님의 선물과 일치로의 부르심-그리고 우리의 헌신'이라는 제목의 WCC 일치 성명서는 총회 기간 동안 논란의 중심이었다. 지난 1일, 일부 총대들은 생태계의 위기, 아동 학대, 동성애자 차별 금지 등의 내용을 일치 성명서에 추가할 것을 요청했다. 당시 총대들은 동성애자 문구를 어떻게 할지를 두고 논쟁을 벌였다. 일치 성명서 초안을 작성한 WCC 산하 정책검토위원회는 총대들의 의견을 충분히 검토하고 반영하겠다며 회의를 마쳤다.

11월 5일 전체 회의에서 공개된 일치 성명서 개정안은 일부가 수정됐다. 초안에는 없던 '아동 학대'가 추가로 포함됐고, 생태계 위기 서술이 강화됐다. 논란의 쟁점인 '동성애자'는 추가하지 않았다. 동성애자나 성 소수자라는 단어를 추가하자는 일부 유럽과 미국 총대의 요청이 다시 쏟아졌다. 정교회와 아프리카 대표로 참석한 총대 일부는 동성애는 성경에 위배된다며 반대했다. 이날 채택 예정이던 일치 성명서는 총대들의 논쟁이 또다시 일자, 최종 승인을 다음 날인 6일로 연기했다.

일치 성명서에서 논란이 되고 있는 부분은 제2항 '우리의 경험' 장이다. 제2항은 하나님의 피조물이 고통받고 있는 현실을 다음과 같이 기술한다.

"우리는 하나님이 창조하신 인간들이 울부짖는 곳이 있음에 대하여 애통한다. 사회경제적 불의, 빈곤과 기근, 탐욕과 전쟁으로 우리가 사는 세상을 황폐하게 한다. 폭력과 테러리즘과 전쟁 특히 핵전쟁의 위협이 도사리고 있는 실정이다. 많은 사람이 HIV와 AIDS를 갖고 살아가면서 그 밖의 다른 전염병으로 인해 고통받아야 한다. 민족들이 강제 이주를 당하고 그 땅을 박탈당하기도 한다. 숱한 여성들과 아동들이 폭력과 불평등 및 인신매매의 희생자가 되고 있으며, 남성들 중에서도 희생당하는 이들이 있다. 사회 주변부로 쫓겨나고 배제된 사람들도 있다. 우리는 누구나 할 것 없이 자신의 문화로부터 소외되고 이 땅과 단절될 위험에 처해 있는 것이다. 창조 세계는 오용되어 왔으며, 따라서 우리는 생명의 균형에 대한 위협과 점증하는 생태적 위기, 그리고 기후변화로 말미암은 결과에 직면해 있다. 이것은 우리와 하나님, 우리와 이웃, 우리와 창조 세계의 관계가 뒤틀려 버렸다는 징조이며, 따라서 우리는 이것들이 하나님이 주신 생명의 선물을 욕되게 하는 것임을 고백한다." (WCC 부산 총회 일치 성명서 개정안 제2항 발췌)

WCC 총대들은 11월 6일 종교 소수자의 권리, 무국적자들의 인권 등 13개의 성명서와 결의문 초안을 수정하고 승인하는 작업을 했다. 일치 성명서 채택 여부는 가장 마지막에 다뤘다. 최종 개정안에도 '동성애자'는 빠졌다.

일부 총대는 여전히 '동성애'에 관한 내용이 빠진 최종 개정안 문서를 두고, 일치 성명서 채택을 반대했다. 메노나이트 교회 소속 페르난도 목사(Fernando Enns·독일)는 "나는 (동의하지 않는다는 의미의) 블루 카드를 들 수밖에 없다. 진정한 일치를 이룬 성명서라고 할 수 없다"며, 동성애자들의 문제를 다루지 않은 성명서에 불만을 나타냈다. 그의 발언에 일부 총대는 박수를 치며 환호했다.

총대 대부분이 회의 종료 시간이 다가오자 오렌지 카드를 들어 일치 성명서 채택을 승인했다. 지난 11월 1일 전체 회의에서 동성애자들을 교회가 품어야 한다고 주장한 아프리카 감리교 소속 제니퍼 목사와 일부 총대는 곧바로 회의장을 떠났다. 대부분의 총대는 일치 성명서 작성에 노력한 WCC 정책검토위원회에 박수를 보냈다.