심 장로에 따르면, 제자교회는 정관에 따라 매년 12월 시무장로로 구성된 당회에서 다음 해 예산을 결정한다. 사무국·재정국·선교국 등 각 국은 목적에 맞게 지출 결의서를 작성, 재정국으로부터 자금을 받아 사용한다. 각 국은 한 해 동안 돈을 사용한 결산과 감사 결과를 다음 해 2월 보고한다. 이 보고가 제직회와 공동의회를 통과해야 한 회계연도가 마무리된다.

구체적인 자금 집행 절차는 다음과 같다. 수요 예배 또는 주일예배 후 각 부서 국장이 각 국에서 집행할 자금을 지출 결의서에 작성, 결재한 후 재정 담당 집사에게 건넨다. 재정 담당 집사는 지출 결의서를 취합한 후 재정국장에게 제출한다. 이후 재정국장이 결재한 지출 결의서와 결재하지 않은 지출 결의서를 모아 금주 지급 계획서를 작성한 후 재정국장의 승인을 받는다. 재정국장은 지급 계획서에 담임목사의 결재를 받은 뒤 은행에 팩스로 송부하고, 은행은 계획서에 명시된 대로 송금한 후 결과를 재정 담당 집사와 재정국장에게 보고한다.

그런데 선교국과 사무국은 39억 8,306만 4,000원을 일체의 증빙 서류 없이 임의로 사용했다. 심 장로가 법원에 제출한 고발장을 보면, 선교국은 2007년부터 2009년까지 전도 비용이라는 명목으로 총 14억 6,305만 2,000원을, 사무국은 2009년경 전도금으로 24억 2,001만 2,000원을 사용했다. 게다가 사무국은 2008년경 결산 보고서에 가지급금 1억 원을 자본적 수입의 증가로 기재하여 현금으로 회수한 것처럼 표시하고는 특별손실이라는 계정과목으로 비용 처리하였다.

심규창 장로는 선교국과 사무국이 전도 명목으로 약 39억 원을 사용한 때가 정삼지 목사가 직접 재정을 관리했던 때인 것으로 보아, 현재 진행 중인 정 목사의 32억 횡령 혐의 공소 사건과도 개연성이 높다며, 추가 고발한 이유를 밝혔다. 추가 고발에 대한 피고발인의 입장을 듣고자 했으나 전화를 받지 않았고, 받아도 대답 없이 끊었다.

한편, 이 내역은 제자교회 일부 교인들이 신청한 장부 등 열람 등사 가처분 신청을 통해 드러났다. 제자교회는 지난해 두 차례나 장부를 공개하라는 법원을 명령을 받았지만, 이를 거부했다. 이로 인해 교회 측은 총 3억 2,000만 원의 간접 강제금을 내야 하는 상태다. 결국 집행관이 직접 장부 등을 수거하여 보관하는 방식으로 가처분 결정이 내려온 뒤에야 교회 측이 일부 자료를 집행관에게 제출하여 장부가 공개됐다. 이때 제출된 자료에서 약 39억 원이 적법한 절차 없이 임의로 사용된 사실이 드러났다.

제자교회 박 아무개 장로 등 33명은 지난 4월 21일 또다시 법원에 장부 등 열람 등사 가처분을 신청했다. 4번째 장부 열람 가처분 신청이다. 박 아무개 장로는 제자교회 초대 장로로 정삼지 목사와 20년간 동역했다. 선교위원장, 관리위원장, 재정국장 등을 역임하였고 최근에는 제자교회 파주수양관 본부장을 지냈다.

제자교회 측은 가처분을 신청한 33명 중 13명을 즉각 제명 처리했다. 나머지 20명은 이전에 제명 등 징계를 받았다. 20명은 노회에 소를 제기한 상태다. 교회가 밝힌 교인 13명 제명 사유는 "제자교회 중직자 중 성도들은 대외적인 기관이나 노회 및 총회에 제자교회와 관련된 송사를 제기하거나 인터넷 및 언론 기관에 유포할 시에는 필히 당회의 승인을 득하여야 하며, 이에 불복 시는 출교키로 한다"는 2006년 4월 7일 당회 결정이다.