진 목사는 황진수 담임목사의 사위로 지난해 5월 제일성도교회 청빙을 받으면서 '사위 세습' 논란을 일으켰다. 이후에도 진 목사를 둘러싸고 각종 의혹이 불거졌다. 진 목사는 총신대학교 신학대학원 편목 과정 대리 출석으로 논란을 일으킨 바 있다. 제일성도교회 부목사들이 진 목사의 수업을 대신 출석한 것으로 알려졌다. 진 목사는 대리 출석 사실을 시인했고, 총신대도 이를 받아들여 F학점 처리했다(관련기사 : 총신대, 진웅희 목사 낙제 방침).

진 목사는 세습 논란에 대해 지난 2월 "큰 교회에 대한 야망이나 안정된 지위에 대한 욕심이 아니라 하나님의 인도하심"이라고 말했다. 편목 과정 대리 출석 의혹에 대해서는 "전혀 그런 적 없다"며 강하게 부인했다.

한편 제일성도교회 당회는 5월 27일 '사위 세습'과 '편목 부정' 등을 문제 삼은 부목사 A 씨외 B 씨의 해임을 결의했다. 당회는 두 목사가 "교회 목회 사역에 유익을 주지 않는다"고 해임 이유를 밝혔다.