교회갱신을위한목회자협의회(교갱협·대표회장 김경원 목사)는 2월 28일 교회 거룩성 회복을 위한 기도회를 열었다. 권성수 목사(대구 동신교회)는 총신대 총장 선거 과정에서 금권 선거를 목격했다며 "지금 손쓰지 않으면 같이 망할 수 있다"고 했다. 이날 모인 400여 명의 목회자들은 울면서 한국교회를 위해 기도했다. 미래목회포럼도 3월 8일 참회문을 <국민일보>에 발표했다. 이들은 성명서를 통해 "금권 타락 선거와 반목을 일체 거부한다"는 등의 10가지의 다짐을 밝히고 목회자들과 한국교회의 회개를 촉구했다.

논란의 중심에 서 있는 한기총을 해체하려는 운동도 시작됐다. 한기총의 해체를 처음 공개적으로 요구한 손봉호 교수(영동교회 장로·고신대 석좌교수)는 "한기총은 개혁의 가능성이 없으므로 해체해야 한다"고 했다.

기독교 단체들은 구체적인 해체 운동을 예고했다. 한기총의 개혁을 꾸준히 요구해 온 '한기총 개혁을 위한 기독인 네트워크(네트워크·담당자 교회개혁실천연대 사무국장 남오성 목사)'는 한기총의 변화와 개혁이 없다면 해체에 나설 것이라고 경고했다.

네트워크는 금권 선거와 관련, '한기총 사태에 대한 질의서'를 3월 3일 발송했다. 이들은 질의서에서 한기총의 금권 선거 등에 대한 대책을 물었다. 남오성 목사는 "11일까지 답변이 없다면 뜻을 같이하는 개인과 교회, 단체와 함께 한기총 탈퇴 운동을 시작하겠다"고 했다.

기독교윤리실천운동(기윤실·이사장 이동원 목사)도 3월 7일 열린 총회에서 한기총 해체 운동에 동참하겠다고 했다. 기윤실은 올해의 중점 사업으로 한기총과 교계의 금권 선거를 막고자 '깨끗한 교계 선거 운동'을 추진하기로 했다.