대한예수교장로회 통합(예장통합·정영택 총회장)은 희생자 가족들의 아픔이 치유될 수 있도록 기도하고 돕겠다고 총회장 서신을 발표했다. 또 전국 교회에 특별 새벽 기도회를 요청했다. 다음 3가지 기도 제목을 제시했다. △유가족들이 입은 상처의 치유와 회복 △진실을 토대로 한 해결 방안의 모색 △사회 안전 시스템의 강화. (총회장 서신 바로 보기)

한국기독교장로회(기장·황용대 총회장) 총회도 희생자 가족들에게 하나님의 위로가 있기를 기도한다고 밝혔다. 기장은 △세월호특별법 시행령(안) 폐지 △선체 인양에 따른 '비용 문제' 거론하는 언론 호도 중단 △선체 인양 방법과 조속한 추진 일정 등이 포함된 종합 계획 공식 발표와 실행을 촉구했다. (기장 총회 입장 바로 보기)

한국기독교교회협의회(교회협·김영주 총무)은 지난 고난주간을 팽목항에서 보내면서 다시 한 번 이 아픔을 잊지 않겠다고 다짐했다는 내용을 담은 목회 서신을 발표했다. 그러면서 5가지 기도 제목을 내놨다. △세월호 참사의 모든 진실 규명 △특별조사위원회를 무력화하는 세월호특별법 시행령(안) 철회 △온전한 선체 인양과 실종자 수습 △유가족들의 뜻을 호도하려는 의도가 담긴 배·보상 절차 중단 △온전한 세월호특별법 시행을 통한 공의로운 사회 건설. 교회협은 4월 16일(목)~19일(일)을 '세월호를 기억하는 기도 기간'으로 선포하고 회원 교회가 함께 기도하기로 했다. 

예장합동이나 고신 등 보수적인 교단, 한국기독교총연합회(한기총·이영훈 대표회장)나 한국교회연합(한교연·양병희 대표회장) 등은 아직 성명서나 목회 서신 등 공식적인 입장을 발표하지 않았다.