2012년 교단 총회는 이단 규정과 관련하여 교단 연합 기구인 한국기독교총연합회(한기총·홍재철 대표회장)와 대립각을 세우는 형국이다. 이번 총회에서 채택된 이단 보고서에는 한기총이 결의한 이단 규정을 뒤집는 내용이 있는가 하면, 길자연·홍재철 등 전·현직 한기총 대표회장을 이단 연루자로 규정하는 내용까지도 포함됐다.

대한예수교장로회 합신(예장합신)은 9월 20일 경기도 군포시 군포제일교회에서 열린 제97회 총회에서 "박형택 목사는 이단 옹호자가 아니다", "최삼경 목사는 삼신론 주장도, 월경 잉태론 주장도 전혀 한 적이 없음을 확인한다"는 이단사이비대책위원회(이대위)의 보고서를 채택했다.

이번 결의는 한기총이 2011년 11월 24일경 잉태론과 삼신론을 주장했다는 이유로 최삼경 목사(예장통합 이대위원장)를 이단으로 규정하고, 박형택 목사(한국기독교이단상담소 소장)에 대해서는 최 목사에 동조했다는 이유로 지난 7월 19일 이단 옹호자로 규정한 것에 대해 반박하는 성격이 짙다.

예장합신 이대위는 최 목사의 월경 잉태론과 삼신론에 대해 진위를 파악했다. 우선 월경 잉태론에 대해서는 "최삼경 목사는 월경 잉태론을 주장한 적이 없으며 박윤식(평강제일교회 원로목사) 편에 선 사람들이 박윤식의 무월경 잉태론을 주장하면서 최삼경 목사를 월경 잉태론으로 몰아붙인 것이다"고 결론 냈다. 박윤식 측 사람들이 예수의 무죄성을 입증하기 위해 무월경 잉태설을 주장, 최 목사를 예수의 신성을 부정하는 자로 몰아붙였다는 것이다.

삼신론에 대해서는 "최삼경 목사는 영을 하나의 인격으로 보고 본질에는 하나이지만 성부·성자·성령 하나님을 세 영, 세 인격적 존재로서 구분한 것이다"고 설명하며 "일각에서 최삼경 목사의 인격적 구분에 대해 삼신론자라고 공격한 것이다"고 말했다.

대한예수교장로회 백석은 이단 보고서를 제출하지는 않았지만 한기총이 이단과 연루된 점을 문제 삼아 한기총과 결별을 선언했다. 유중현 전 총회장은 총회 첫날인 9월 17일에 "통일교·다락방·베뢰아 등이 한기총과 관련되어 있다. 백석은 이단과 같이할 수 없다"는 긴급 동의안을 제출, 만장일치로 결의됐다.

그 외에도 예장통합은 최삼경 목사를 이단으로 규정한 한기총의 결의는 취소되어야 한다는 신학대 교수의 성명을 채택했다. 예장통합은 장로회신학대학 등 7개 총회 소속 신학대 교수가 참여한 성명서에 "한기총이 회원 교단의 이대위원장을 자세한 검증과 토론의 절차 없이 이단으로 규정한 것은 회원 교단을 무시한 처사이며, 개인에게는 심각한 명예훼손이다"는 내용을 담았다.

이러한 결정에 대해 한기총은 보복성 조치라며 반발했다. 9월 24일 반박 보도자료를 낸 한기총은 "개혁주의 신앙을 이어 온 한국교회 보수 중의 보수 교단인 대한예수교장로회 합동의 총회장을 지낸 대표적 지도자이고, 한기총 대표회장을 세 번씩이나 역임한 길자연 목사를 이단 연루자로 규정하였으며, 한기총 현 대표회장 홍재철 목사마저 이단 연루자로 규정했다는 것은 예장통합이 신정통주의 신학으로서 한국교회를 망치고, 연합 사업에 화합을 깨 버린 핵심 교단 중 하나가 되었다는 것을 의미한다"고 했다.

아울러 한기총은 예장통합이야말로 종교 다원주의 단체인 WCC를 끌어들인 친 이단 교단이라며 "예장통합은 종교 다원주이요 혼합주의며 용공주의인 WCC 총회 유치에 앞장선 교단인 만큼 한국교회 지도자를 향해 이단 연루 운운하며 논할 자격이나 있는지 자문해야 할 것이다"고 반박했다.