한독선연은 "남 목사가 목사 안수식 물품을 구입하는 곳에서 백지 영수증을 받아 부풀린 금액을 기재하고 그 돈의 일부만 납품 업자에게 지급했다"고 했다. 목사 가운 납품 업체 대표의 진술서에 따르면, 남 목사가 가운은 개당 18~19만 원인데 25만 원으로, 와이셔츠는 개당 2만 5000원인데 3만 5000원으로, 스톨은 무료인데 개당 4만 원으로 부풀렸다고 한다. 고소장에는 남 목사가 목사 안수식 앨범비나 선물비 명목으로 2000여만 원을 횡령한 내용도 있다. 윤세중 목사(한독선연 목회사역국장)는 "남 목사가 실제 납품액보다 높은 금액을 자신의 계좌나 현금으로 받아 그 차액을 횡령했는데 그 액수가 1억 6000여만 원이다"고 했다.

목사 안수위원 사례비 허위 지급 사실도 문제로 드러났다. 한독선연에는 연합회가 직접 초청하는 '본회 초청 안수위원'과 목사 안수 후보자들이 따로 모시는 '개별 초청 안수위원'이 있다. 본회 초청 안수위원에게는 20~30만 원의 사례비가 있지만, 개별 초청 안수위원에게는 사례비가 없다. 남 목사가 목사 안수식 19회에서 23회까지 개별 초청 안수위원들에게 사례비를 20만 원이나 30만 원을 지급했다고 한독선연은 주장했다. 총 액수가 1억 5000여만 원이다. 그러나 한독선연이 개인 초청 안수위원으로 참석한 목사들에게 사례비 수취 여부를 확인한 결과, 90여 명의 목사가 사례비를 받지 않았다고 진술했다.

한독선연은 남 목사가 정관을 임의로 변경한 것도 지적했다. 남 목사는 2002년 4월부터 2011년 12월까지 9년 9개월 동안 한독선연 총무 자리에 있었다. 1998년 3월에 시행한 정관에 의하면 남 목사의 총무 임기는 1회 연임 기간을 포함해 2006년 4월까지였다. 남 목사가 2011년까지 계속 총무를 한 것은 정관 제15조의 내용이 바뀌면서 가능했다. 윤 목사는 "원래 총무 임기가 2년이었다. 남 목사가 그것을 삭제하고 실행위원에서 실행위원과 임원의 임기를 별도로 정하는 것으로 내용을 바꿨다"고 했다. 2011년 12월 전체 임원들과 실행위원들이 참석한 회의에서 문제 제기를 받은 남 목사는 총무직을 그만두었다.

한독선연은 이 사건을 평가하면서 올해부터 총무직을 없애고 협의체의 성격에 맞게 운영 방식에 변화를 꾀했다. 연합회 조직을 행정과 목회 부문으로 나눴다. 일반 신도들로 구성된 사무국이 재정과 행정 업무를 본다. 목회자들로 구성된 임원회에서 목사 고시와 안수를 담당하고, 회원 교회와 단체들을 실사한다. 신 이사장은 "목회자들이 재정 업무에 관여하지 않게 했다. 사무국에서 재정 업무를 하고 월말에 감사에게 회계 보고를 하고 있다"고 했다.

<뉴스앤조이>는 남 목사에게 수차례 전화 연락을 하고 문자 메시지를 보냈지만 응답을 받지 못했다. 한독선연에서 '국제사이버신학대학원(국제사이버신대원·남양우 이사장)'이 교육과학기술부로부터 인가 받지 않았다고 지적한 것도 남 목사에게 물을 수 없었다. 2009년 11월 5일에 남 목사는 선교 단체 '국제사이버신학원' 명의로 한독선연에 회원으로 가입했다. 신 이사장이 작성한 내용증명에 따르면 "남 목사가 선교 단체 이름을 국제사이버신학대학원으로 변경하여 신학교 행세를 했다"고 한다. 한독선연은 2011년 12월 26일에 이사회의 결정으로 국제사이버신대원의 회원 자격을 취소했다.