기성은 예상했던 것처럼 총회 둘째날인 지난 23일, 목신원 문제로 고성을 주고 받으며 뜨거운 공방을 벌였다. 그러나 정작 문제 해결의 단초가 될 목신원 사태 '총회 진상조사위원회' 구성에는 마지막 날 24일까지 발의도 못하고 총회를 마쳤다. 이로써 목신원 사태는 여전히 혼미한 상태로 남게 되어, 이번 총회 시작부터 유인물을 배포하는 등 안간힘을 썼던 학생들의 한숨은 더욱 깊게 되었다.
작년 10월 재적 학생 3분의 2인 56명을 중징계함으로 불거진 목신원 사태는, 그후 학교와 학생 양측의 법적 고소 등 파행일로를 거듭해왔다. 이에 대해 직전 97차 기성 총회(총회장 이용규 목사)는 '목신원 사태는 목신원 내부에서 해결하라'며, 이미 개혁의 의지를 구조적으로 상실했다는 평가를 받은 목신원 운영위원회(위원장 김동규 목사)에 떠넘겨 '무책임'하다는 말을 들었다.
실제로 지난 3월 목신원 내부에서 구성된 '5인 수습위원회'의 진상조사 활동은 유명무실한 상태로 아무런 해결을 보지 못했다. 운영위 간사직을 맡았으나 '권고사직' 처리된 유치영 간사(전도사)도 여전히 간사의 일을 맡고 있다. 유 간사는 자신을 해임시키면 원장 류재하 목사의 비리를 폭로하고 고소하겠다며 버티고 있는 것으로 알려졌다.
상황이 이러함에도 불구하고, 기성 총회는 여전히 수수방관하고 있는 것이 아니냐는 지적이 나오고 있다. 이번 98차 총회에서 목신원 문제 해결의 실마리는 총회 차원의 전권이 위임된 ‘진상조사위’가 구성되어야 한다는 것이 세간의 중론이였다. 조사위를 통해 목신원의 진상을 드러내고 불법과 관련하여는 적절한 법적 조치를 취하고, 징계 받은 학생들을 복권시켜야 한다는 것이다.
그러나 기성 총회는 목신원 측이 들고 나온 운영개정안 중 학감 자격 문제만 부결시키는데서 멈추고 말았다. 목신원 측은 현 김명기 학감 체제를 유지하기 위해, '학감 자격을 기존 박사학위 소지자에서 석사학위 소지자로 낮추자'는 개정안을 들고 나왔지만, 대다수 총대들의 반대 벽에 부딪혀 부결됐다.
이에따라 목신원 사태는 실질적으로는 아무런 해결의 진척 없이 다시 목신원 내부 문제로 돌려져, 일정기간 표류가 불가피할 전망이다. 이와 관련하여 목신원 원우회장 이재동 전도사는 "이번 총회에서 총회 차원의 진상조사단이 구성되기를 희망했는데, 결국 뜻을 이루지 못했다"고 아쉬움을 표했다. 그는 또 "목신원 사태의 해결은 내부적으로는 어렵다"며 "신임 총회 임원들이 조속한 특별조사단을 파송해 줄 것을 촉구한다"는 뜻을 밝혔다.
한편, 서울신대 신임 목창균 총장은 목신원의 '서울신대 사회교육원 위탁'에 관하여 부정적인 뜻을 밝혔다. 목 신임총장은 "그 문제는 직전 총장 때에 나온 이야기며, 나는 반대한다"며 반대의 뜻을 분명히 했다.