익명을 요구한 고발인 A 씨가 수원지방검찰청에 제출한 고발장에 따르면, 진 목사는 대한예수교장로회 합동 제일성도교회 소속 노회에 가입하기 위해 총회신학원에서 편목 과정을 들었다. 강의는 2011년 2월, 6월, 8월 각 2주 과정으로 진행했다. A 씨는 이 중에서 8월에 열린 수업을 진 목사가 출석하지 않았다고 했다.

그는 진 목사가 8월에 한국에 체류하지 않았기 때문에 모든 수업이 대리 출석으로 진행되었다고 했다. A 씨는 황 목사가 2명의 교회 부목사에게 2011년 8월 진 목사의 총회신학원 편목 과정 수업 대리 출석과 대리 시험을 응시하도록 했다고 했다. 또한 부목사들은 황 목사의 지시대로 이를 이행, 진 목사가 편목 과정을 마치도록 도왔다고 했다.

A 씨는 총회신학원 교무과 담당자와 통화에서 "진 목사가 (대리 출석 의혹에 대해) 극구 부인하지 않았고, 경위를 학교 측에 설명했다"고 했다. 또한 "본인이 대리 출석에 적극적으로 가담한 것은 아니고, 자신의 형편을 도와주려는 쪽에서 일을 진행한 것 같다고 말했다"고 했다. 이에 A 씨는 "진 목사가 인정하고 있는 상황에서 더 이상 고발을 주저할 이유가 없다"며 고발장 제출 이유를 밝혔다.

이에 대해 진 목사는 <뉴스앤조이>와의 통화에서 "모든 것이 결정되고 분명해지면 연락하겠다"며, 학교 측의 입장이 발표될 때까지 기다려 달라고 했다. 또 "교회 측에서도 할 말이 없어서 잠잠한 게 아니라 정확하고 정리된 답변을 준비하고 있는 중"이라며, 정리가 되면 그때 답변하겠다고 했다. 진 목사는 <뉴스앤조이>와의 2월 26일 전화 인터뷰 기사에서 대리 출석 의혹을 부정한 바 있다.