총신대학교 김영우 재단 이사장이 지난 2월 23일 신학대학원(신대원)의 김지찬 교수와 이한수 교수를 각각 학부와 목회신학전문대학원(목회대학원) 교수에 임명해 '보복 인사' 논란이 예상된다. 두 교수는 신대원교수협의회 임원으로, 교수협의회는 직원 인사 과정에서 일어난 뇌물 수수 사건과 양지캠퍼스의 송전탑 이전이 지연되는 것에 대해 정일웅 총장과 김영우 이사장의 퇴진을 요구해 왔다. 학내사태진상조사위원회는 신대원의 수업 거부와 원우회의 시위에 대한 책임을 추궁하겠다며 두 교수에게 출석을 요구했지만 이들은 불응했다. (관련 기사 : 총신대, 학내 사태 해결 '더 꼬이네')

이한수 교수를 목회대학원 교수에 임명한 것에 대해 한 신대원 교수는 "신학교의 핵심은 목회자 양성이다. 목회자 재교육을 주로 하는 목회대학원 교수에 임명한 것은 좌천"이라고 말했다. 김영우 이사장은 애초 이한수 교수를 평생교육원으로 발령했다가 목회대학원에 재발령한 것으로 알려졌다.

신대원 관계자는 학교의 운영 방침을 고려한 인사라고 했다. 그는 "학부와 신대원 인력을 통합해서 운영하는 것을 추진 중인데, 이를 반영한 인사 조치다. 김지찬 교수 이외에도 신대원의 정훈택·문병호·박영실 교수가 학부 교수에 임명됐다"고 했다. 정일웅 총장은 지난 2월 20일 열린 재단 이사회에 '신학적 이슈에 대한 효율적인 대처'와 '신학 계열 교수들의 결속'을 위해 '신학 교수들의 통합 운영 및 순환 근무' 안건을 제출한 바 있다.

신대원 관계자는 보복 인사 논란에 대해 "복합적인 요소를 고려한 인사 발령"이라고 하면서도, "교수들에게 여러 차례 경고했다. 결국 교수들이 빌미를 주었다"고 말했다. 그는 "(신대원을) 떠나는 사람들뿐만 아니라 (신대원에) 남아 있는 사람들도 마음이 무겁다"고 했다.