3월 11일 일본의 대지진 소식이 전해지자 개신교 단체들은 일제히 성명을 내고 애도를 표했다.

한국기독교교회협의회(교회협·김영주 총무)는 논평을 통해 "일본 국민들의 고통과 아픔에 주님의 위로하심과 돌보심이 임하시기를 간절히 기도한다"며, 고통과 아픔을 잘 이겨 내고 피해 지역이 하루 속히 복구되기를 기원했다. 한국기독교총연합회(한기총)도 논평을 내고 강진으로 희생된 피해자들과 유족들을 위로했다. 한기총은 일본이 하루빨리 피해를 복구할 수 있도록 한국교회와 교인들이 기도와 성금 모금 등에 동참해 줄 것을 당부했다.

한국기독교장로회(총회장 김종성 목사)는 선교 협력 관계에 있는 일본그리스도교협의회(NCCJ), 일본그리스도교회(CCJ), 일본기독교단(UCCJ), 재일대한기독교회(KCCJ)에 위로와 연대의 뜻을 담은 서신을 발송했다. 이들은 서신에서 "일본의 모든 교회와 국민들에게 깊은 하나님의 위로를 전하며, 일본의 빠른 회복을 위해 본교회와 함께 기도하며 협력할 것이다"고 했다. 일본 교회와 교계는 답신을 통해 감사를 표하고 계속적인 기도와 관심을 부탁했다.

일본을 돕기 위한 모금 운동도 진행 중이다. 교회협과 한국기독교사회봉사회(김일환 총무)는 '일본 대지진·쓰나미 이재민 돕기 모금' 운동을 시작했다. 이들은 4월 30일까지 모금을 할 예정이다. 기독교윤리실천운동(기윤실·이사장 이동원 목사)도 이번 지진으로 가장 많은 피해를 입은 센다이시의 기독재난협의회와 본국에서의 송금이 여의치 않아 한국 생활에 어려움을 겪는 재한 일본인 유학생에게 기금을 전달할 예정이다.

재난 현장에 가서 구호 활동을 펼치는 여러 단체들도 있다. 기아대책(회장 정정섭)은 일본 동북부 지역 이재민 구호를 위해 긴급 구호팀을 파견, 3월 18일에는 일본기아대책과 함께 센다이시 동쪽 시오가마 지역에서 주민 200여 명에게 물과 식량 등을 전달했다.

강현정 긴급 구호 팀장은 "쓰나미가 덮치고 간 시오가마 지역은 파손된 차량이 여기저기 널브러져 있는 등 처참하기 그지없다. 생수와 생필품뿐 아니라 등유조차 없어 난로를 땔 수 없는 주민들은 추위에 떨고 있다. 급수 차량이 와서 제한적으로 물을 공급해 주고 있지만 현지에는 급수 차량이 들어오는 것이 제한적이기 때문에 일부 주민은 지붕 위에 녹은 눈을 받아 사용하기도 한다"고 했다.

한국기독교연합봉사단(단장 조현삼 목사)는 3월 16일 센다이시 와카바야시구 로쿠고후 중학교에 마련된 피난소를 방문, 구호 물품을 전달했다. 이 피난소에서는 매일 마을 주민 1,150여 명이 식사를 해결한다. 한기총도 국제 NGO인 해피나우(이사장 길자연 목사)와 일본에 긴급 구호 대책 본부를 세우고 이재민과 희생자 돕기에 나섰다. 이들은 센다이한인사랑의교회(안중식 목사)와 일본 개혁교단연맹 센다이교회(총회장 요시다 다카시 목사) 등 2곳에 '한국교회일본동북관동대지진긴급대책본부'를 설치하기로 했다. 긴급대책본부는 피해가 심한 미야기현, 이바라기현, 후쿠시마현 등을 지원할 예정이다.