대한예수교장로회 합동(예장합동) 회무 마지막 날인 9월 18일, 이번 총회 최대 관심사였던 총신대 문제가 거론됐다. 총회신학원 보고와 정치부 보고 중 총신대 관련 안건이 논의됐다. 갑론을박이 벌어질 것이라는 예상과는 달리, 10분이 채 못 되어 그냥 총회 임원회에 맡겨 처리하기로 결의됐다.

보고에 앞서, 전 총회장 백남선 목사가 마이크를 잡았다. 백남선 목사는 99회기 중 총회 결의대로 총신대 정관을 변경해야 한다는 입장을 고수하며, 총장 김영우 목사(전 재단이사장)와 신경전을 벌이기도 했다. 지난 6월에는 김영우 목사와 타협하며, 총신대 정관 변경을 꾀했다. 총대들은 총회장 재임 동안 총신대 문제를 해결하려고 노력해 온 백 목사 말에 경청했다.

백남선 목사는 99회 총회 결의대로 계속 이행해 나가면 된다고 발언했다. 현재 몇 명 남아 있지 않은 재단이사회와 운영이사회 임원을 새로 뽑거나 교체해야 한다고 했다. 또 현행법대로 하면 재단이사회가 사립학교법을 근거로 학교를 100% 사유화할 수 있다면서 재단이사회 정관을 반드시 고쳐야 한다고도 했다. 그는 현재 잘 해결되고 있는 중이라며, 총회 임원회가 맡아 처리하는 게 좋을 것 같다고 말했다.

지난 99회 총회 결의를 따르지 않은 재단이사들을 징계해야 한다는 헌의도 있었다. 그러나 백남선 목사는 이런 것들까지 모두 포함해 임원회에 맡기자고 했다. 대신 총회 결의를 따르지 않는 이사는 소속 노회를 통해 징계하며, 노회가 지시를 안 따를 경우 노회 총대권을 정지하자고 박수로 결의했다.

총회신학원 보고는 제대로 이루어지지 않았다. 이미 총신대 관련 결의를 했기 때문에 총대들은 유인물 배부 청원도 허락하지 않았다. 이에 이미 배포 중이던 정관 개정안과 관련한 유인물을 다시 회수하는 해프닝이 벌어지기도 했다. 박무용 총회장은 "총회신학원 보고는 보고만으로 받고, (정관 개정) 청원 사항은 받지 말자"고 했다. 총대들은 찬성했다.

5일간의 총회를 마무리하기 전, 박무용 총회장의 지시로 총신대 재단이사장직무대행 안명환 목사와 재단이사들이 총대들 앞으로 나와 일렬로 섰다. 이들은 오른손을 들고, "총신대의 정상적인 운영을 위해 100회 총회 결의 사항과 총회 임원회의 지도를 성실하게 따르겠다"고 선서했다.