대한예수교장로회 통합(예장통합·채영남 총회장) 연금재단 이사회는 총 12인으로 구성돼 있다. 외부 회계이사 1인을 제외한 나머지 이사는 교단 소속 목사들로 이뤄져 있다. 12명의 이사는 3,000억 원이 넘는 연금을 운용하며, 제반 행정을 도맡아 처리하고 있다. 2년 전부터 연금재단 이사회와 갈등을 빚어 온 예장통합 총회는, 이사회가 회사 사장처럼 일을 처리하고 있다면서 '제동'을 걸었다.

100회 총회 셋째 날인 9월 16일, 예장통합은 '연금재단 회계 및 특별 감사'에 관한 7개 법 조항을 신설했다. 그동안 연금재단은 비정기적으로 외부감사를 받아왔다. 하지만 법이 신설됨에 따라 2년에 1번씩 외부 특별 감사를 받는다. 감사를 할 때마다 5,000만 원에서 1억 원이 든다며 반대하는 목소리도 나왔지만, 받아들여지지 않았다.

특별 감사는 총회 임원회가 선정하고, 비용은 연금재단이 부담한다. 감사 결과 보고는 30일 이내에 총회 임원회와 연금재단 측에 서면으로 한다.

제재 사항도 있다. 감사 결과, 비리 행위가 드러나거나 부정 및 부실 투자로 연금 재단 기금에 '상당한' 손실액이 발생하면 담당자를 '해임'할 수 있도록 했다. '상당한'의 범위는 100만 원 이상으로 정했다. 만일 연금재단 이사회가 특별 감사를 수용하지 않고, 감사를 거부하거나 방해하면 총회임원회가 관련자들을 기소 의뢰할 수 있다.